Trước đây, các chúa Nguyễn xây dựng Văn Miếu tại thủ phủ và thay đổi vị trí qua ba địa điểm khác nhau: làng Triều Sơn, làng Lương Quán, làng Long Hồ.
Năm 1808, Gia Long cùng triều đình quyết định chọn một ngọn đồi thấp phía trên chùa Thiên Mụ, sát tả ngạn sông Hương, tức vị trí hiện tại để xây Văn Miếu mới uy nghi, đồ sộ. Bấy giờ trường Quốc Tử Giám cũng được lập ra ở đây và hoạt động mãi cho đến năm 1908 mới dời về thành nội. Công việc xây dựng Văn Miếu khởi công từ ngày 17/4/1808 đến ngày 12/9/1808 thì hoàn thành.
Các công trình kiến trúc chính đều xây trên mặt bằng ngọn đồi cao gần 3m so với nền đất xung quanh. Trước mặt là dòng sông Hương, phía sau là làng mạc, núi đồi lan ra từ rặng Trường Sơn bọc lấy đằng sau Văn Miếu. Các công trình của Văn Miếu Huế được xây dựng trong mặt bằng hình vuông mỗi cạnh chừng 160m. Xung quanh có xây la thành bao bọc. Tất cả chừng 50 công trình kiến trúc lớn nhỏ, trong đó có 32 tấm bia tiến sĩ và 4 tấm bia khác. Văn Miếu (điện thờ chính đức Khổng Tử và Tứ Phối, thập nhị triết), hai nhà Ðông Vu và Tây Vu (thờ thất thập nhị Hiền và các tiên nho), Thần trù (nhà bếp), Thần khố (nhà kho), nhà Tổ công, Ðại thành môn, Văn Miếu môn... Các toà nhà đều được xây dựng bằng gỗ lim và các vật liệu đắt giá khác. Bố cục kiến trúc, trang hoàng và trang trí nội ngoại thất đều mang tính đăng đối uy nghi, văn vẻ.
Văn Miếu đã nhiều lần được tu sửa, xây dựng thêm các công trình phụ, nhất là dưới thời vua Minh Mạng, Thiệu Trị. Trong thời trị vì của vua Gia Long, triều đình chưa mở các kỳ thi Hội, mới chỉ có các khoa thi Hương nên tại đây chưa dựng bia tiến sĩ. Từ thời Minh Mạng về sau (1820 - 1840) mới mở các khoa thi Hội, nên bắt đầu dựng bia tiến sĩ ở Văn Miếu để khắc tên những người thi đậu. Các “tiến sĩ đề danh bí” được lần lượt dựng lên ở sân Văn Miếu từ năm 1831 đến năm 1919, năm có khoa thi Hội cuối cùng dưới thời vua Khải Ðịnh...
Hơn nửa thế kỷ nay, chiến tranh và thiên nhiên đã tàn phá Văn Miếu, chỉ còn lại 34 tấm bia đá là những di tích có giá trị nhất về nghệ thuật, văn hoá và lịch sử.
Hai tấm bia trong hai Bi đình ở sân Văn Miếu khắc bài dụ của vua Minh Mạng và Thiệu Trị. Tấm bia bên trái khắc bài dụ của Minh Mạng đề ngày 17/3/1836, đại thể nội dung nói rằng các thái giám trong nội cung không được liệt vào hạng người có thể tiến thân. Tấm bia bên phải khắc bài dụ của Thiệu Trị đề ngày 02/12/1844, ý nói rằng bà con bên ngoại của vua không được nắm chính quyền. 32 tấm bia tiến sĩ dựng thành hai dãy ở hai bên sân đối diện nhau. Tất cả 32 bia đều có rùa đội bia và làm bằng đá thanh cẩm thạch. Bia tiến sĩ ở đây không cao lớn bằng bia ở Văn Miếu Hà Nội nhưng đều đặn hơn, dạng thức, trang trí khác hơn... Trên 32 tấm bia này đã khắc tên, tuổi, quê quán của 239 vị tiến sĩ đậu chánh bằng qua các kỳ thi Hội được tổ chức dưới triều Nguyễn.
Văn miếu Huế là một di tích lịch sử vô cùng quí giá. Thăm lại Văn Miếu sẽ giúp du khách hiểu thêm về truyền thống ưa chuộng văn tài, coi trọng trí thức và khuyến khích người hiếu học của ông cha ta từ ngàn xưa.