Từ năm 1954, Liễu Hạnh Công Chúa, tức là Vân Hương Thánh Mẫu cũng được đưa vào thờ ở đây. Ngoài ra, tại điện Hòn Chén, người ta còn thờ Phật, thờ Thánh Quan Công và hơn 100 vị thần thánh khác thuộc vào hàng đồ đệ của các thánh thần nói trên. Vua Ðồng Khánh cũng là một trong những đồ đệ ấy. Điện Hòn Chén được vua Minh Mạng cho tu sửa và mở rộng vào tháng 3/1832. Sau đó hai năm, đền lại được trùng tu.
Từ năm 1883 đến năm 1885, vì gặp một giai đoạn éo le của lịch sử triều Nguyễn, vua Ðồng Khánh chờ đợi mãi vẫn chưa được lên nối ngôi cha nuôi là vua Tự Ðức. Ông nhờ mẹ là bà Kiên Thái Vương lên đền Ngọc Trản cầu đảo và hỏi Thánh Mẫu Thiên Y A Na xem mình có làm vua được không. Mẫu cho biết ông sẽ toại nguyện.
Bởi vậy, sau khi tức vị, năm 1886, vua Ðồng Khánh liền cho xây lại đền này một cách khang trang, làm thêm nhiều đồ tự khí để thờ, và đổi tên ngôi đền là Huệ Nam Ðiện để tỏ lòng biết ơn Thánh Mẫu. Huệ Nam nghĩa là ban ân huệ cho nước Nam, vua Nam. Có một điều kỳ lạ, chính vua Ðồng Khánh đưa cuộc lễ hằng năm tại đây vào hàng quốc lễ và tự nhận mình là đồ đệ của Thánh Mẫu, mặc dù nhà vua chỉ gọi thánh mẫu bằng "Chị". Theo nguyên tắc xưa, ông vua nào cũng đứng trên các thánh thần trong cả nước, nhưng ở đây vua Ðồng Khánh lại hạ mình xuống làm "em" của Mẫu. Hiện nay trong đền vẫn còn thờ vài bức tranh ảnh của chính nhà vua.
Ngày nay, điện Hòn Chén được nhiều người biết đến không phải vì đó là một di tích tôn giáo cho bằng đó là một di tích kiến trúc phong cảnh. Công trình kiến trúc tôn giáo ấy đã được người xưa lồng vào trong một cảnh thơ mộng hữu tình của núi sông xứ Huế.
Có một dãy núi thấp ăn từ chân Trường Sơn chạy về phía đồng bằng của Huế, bị một đoạn của sông Hương chặn đầu tả ngạn. Cả dãy núi như bị dồn ép nguồn sinh lực ở đây, tạo thành một ngọn núi có vẻ biệt lập, cây cối mọc xanh um, đứng cheo leo bên bờ vực thẳm, đó là chỗ sâu nhất của sông Hương. Người xưa đã chọn hòn núi Ngọc Trản ấy để dựng đền thờ.
Trên đỉnh núi có một chỗ đất trũng xuống, đường kính vài mét, chung quanh có vòng đá dựng như bờ giếng, hễ gặp mưa thì nước đọng lại trông như cái chén đựng nước trong. Cho nên từ xa xưa, hòn núi được đặt tên Ngọc Trản (núi Chén Ngọc) và dân gian gọi là Hòn Chén.
Trong một tờ thần sắc ban cho đền năm 1886, vua Ðồng Khánh đã ví toàn cảnh thiên nhiên ở đó như hình thế một con sư tử đang nằm thò đầu xuống sông uống nước.
Khoảng 10 công trình kiến trúc xinh xắn của ngôi đền đều nằm ở lưng chừng sườn đông nam thoai thoải của ngọn núi, ẩn mình dưới bóng dâm của một khóm rừng cổ thụ tán lá xum xuê. Những hệ thống bậc cấp chạy từ đền cao xuống tận bến nước trong xanh. Mặt sông phẳng lặng như gương, được dùng cho toàn cảnh thiên nhiên và kiến trúc nghiêng mình soi bóng. Dù thuyền cập bến, đứng nhìn lên, khách dễ tưởng mình đang lạc vào chốn thần tiên.
Mặt bằng kiến trúc của toàn bộ ngôi đền không rộng, gồm điện thờ chính là Minh Kính Ðài nằm ở giữa, mặt hướng ra sông; bên phải là Nhà Quan Cư, Trinh Cát Viện, Chùa Thánh; bên trái là Dinh Ngũ Vị Thánh Bà; bàn thờ Các Quan, động thờ ông Hạ Ban (tức ông Hổ - con cọp), Am Ngoại Cảnh. Dưới bờ sông, cuối đường bên trái là Am Thủy Phủ. Trên mặt bằng kiến trúc ấy, còn có một số bệ thờ và am nhỏ khác nằm rải rác đó đây, như Am Cô Ngọc Lan, Am Trung Thiên...
Nhưng đáng để ý nhất trong tất cả vẫn là Minh Kính Ðài. Xây dựng năm 1886 dưới thời vua Ðồng Khánh với mặt bằng 15mx17m, nó được chia làm 3 cung (theo thứ tự từ cao xuống thấp và từ sau đến trước căn cứ vào chức năng thờ phụng).
Minh Kính Cao Ðài Ðệ Nhất Cung, còn gọi là Thượng Cung hay Thượng Ðiện, chia làm 2 tầng. Tầng trên thờ Thánh Mẫu Thiên Y A Na, Thánh mẫu Vân Hương, ảnh vua Ðồng Khánh và một số thần thánh cao cấp khác trong tôn giáo; tầng dưới dùng làm chỗ tiếp khách và nơi ở của người thủ từ...
Minh Kính Trung Ðài Ðệ Nhị Cung, còn gọi là Cung Hội Ðồng, giữa xây bệ thờ cao và lớn, cung này thờ hàng chục tượng thần thánh khác nhau, có cả tượng Phật nữa, và dùng làm nơi thiết trí các đồ thờ dùng để rước sắc trong những dịp lễ lớn: Võng Cung Nghinh Mẫu, Phụng Liễn, Long Ðình...
Minh Kính Tiểu Ðài Ðệ Tam Cung, còn gọi là Tiền Ðiện - nơi có xây một hương án lớn, hai bên đặt trống chuông, là chỗ cử hành tế lễ. Nơi đứng cúng lạy của khách hành hương còn được nới rộng thêm bằng một mái hiên và cái sân ở mặt trước tòa nhà.
Trên bờ nóc quyết của Minh Kính đài cũng như các công trình kiến trúc khác ở chung quanh, hình ảnh con phụng được dùng nhiều để trang trí, vì con phụng tượng trưng cho đàn bà, ở đây là các nữ thần. Nó cũng được dùng để trang trí rất nhiều trên các đồ tự khí.
Phần lớn các đồ thờ quý báu ở Minh Kính Ðài đều ghi rõ là làm ra dưới thời vua Ðồng Khánh. Nhìn chung thì thấy trang hoàng rất bề bộn, nhưng có nhiều thứ lạ mắt đối với người xem.
Ðứng ở các hệ thống bậc cấp dẫn xuống bến để nhìn ra viễn cảnh trước mặt, người ta thưởng thức được một bức tranh sơn thủy vẽ bằng gam màu xanh với các độ đậm nhạt khác nhau của dòng sông, làng mạc, núi non, hàng hàng lớp lớp trải rộng vươn dài. Gần nhất bên phải là hòn núi Kim Phụng uy nghi đồ sộ. Ngay bên trái đền, vách đá cheo leo trên bờ dốc thẳm, cùng với tượng cọp trừng mắt đứng nhìn dưới vòm động thâm u, dường như được dùng làm mối nguy hiểm đe dọa thường xuyên đối với những người yếu bóng vía và làm tăng thêm vẻ linh thiêng thần bí của các thần thánh đối với "con tôi đệ tử" của Thiên Tiên Thánh Giáo.
Ðiện Hòn Chén xứng đáng được liệt vào hàng những danh lam thắng cảnh số một của cố đô.