Là huyện đảo, diện tích 496 km2, nằm ở khu vực phía nam biển Đông, gồm 20 đảo nổi và khoảng 80 bãi đá ngầm, gốc san hô. Hòn đảo xa nhất cách đất liền tới 250 hải lý. Trên nhiều đảo có cây cối mọc tự nhiên, đáng chú ý nhất là loại cây Phong ba chịu đựng được bão tố. Trên bề mặt các đảo có phủ một lớp phân chim dày với trữ lượng hàng triệu tấn. Đây là nguồn phân phốt phát tự nhiên rất giá trị.
Hải sản vùng biển Trường Sa rất phong phú, đặc biệt có loài san hô đỏ là một loại nguyên liệu rất quý hiếm mà ngành y tế thế giới đang nghiên cứu chiết xuất ra các loại dược phẩm chữa trị căn bệnh ung thư.
Dưới đáy biển quần đảo Trường Sa ẩn chứa một tiềm năng lớn về dầu khí.
Để phát triển kinh tế của huyện đảo Trường Sa mà chủ yếu là ngành ngư nghiệp, tỉnh Khánh Hoà và Bộ Thuỷ sản đã cho xây dựng 2 cảng cá lớn tại đảo Đá Tây và đảo Trường Sa làm cơ sở hạ tầng cho các tàu thuyền của ngư dân. Tỉnh cũng đang chú trọng hỗ trợ kinh phí cho ngư dân đóng mới đội tàu đánh cá có công suất lớn để có thể hoạt động dài ngày trên khu vực quần đảo Trường Sa. Điều đó đã mở ra những viễn cảnh rất phấn khởi cho việc khai thác những tiềm năng to lớn của vùng biển - đảo này của Tổ quốc.